MirGeneDB ID | Cte-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-750 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-750 Asu-Mir-750 Bge-Mir-750 Bpl-Mir-750 Cgi-Mir-750 Csc-Mir-750-P8 Csc-Mir-750-P9 Dma-Mir-750 Dpu-Mir-750 Efe-Mir-750-P1 Efe-Mir-750-P2 Efe-Mir-750-P3 Esc-Mir-750 Hme-Mir-750 Isc-Mir-750 Lan-Mir-750 Lgi-Mir-750 Lpo-Mir-750-P5 Lpo-Mir-750-P6 Lpo-Mir-750-P7 Npo-Mir-750 Obi-Mir-750 Ovu-Mir-750 Sme-Mir-750 Tca-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_910: 14366-14434 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-750) |
Mir-750
CAPTEscaffold_910: 14366-14434 [+]
Ensembl
Mir-1175 CAPTEscaffold_910: 15451-15510 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAGUACUUGAUGUUCUGCCAGGUGCGAUGAGUUGGAGGAUUGGGUCUCAGCAUUGGACGAGCGGUUUGUGGAGUGCCAGAUCUAACUCUUCCAGCUCAUCCCACUCUGGACCUCCUCUUCUUUGACGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAGUACUUGAUGUUCUG- - C -| CA UUGGACGAGC CCAG GUG GAUGAGUUGGAGGA UUGGGUCU GCA \ GGUC CAC CUACUCGACCUUCU AAUCUAGA CGU G GGCAGUUUCUUCUCCUCCA U C C^ C- GAGGUGUUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-750_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUUGGAGGAUUGGGUCUCAGCA -23
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-750_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009547 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
46- CCAGAUCUAACUCUUCCAGCUCA -69
Get sequence
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