MirGeneDB 3.0

MirGeneDB ID

Rph-Mir-750

Family name MIR-750 (all species)
Seed CAGAUCU
Species Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum)
MiRBase ID
Paralogues
Orthologues Aae-Mir-750  Aga-Mir-750  Agr-Mir-750  Asu-Mir-750  Ava-Mir-750-P9  Ava-Mir-750-P10  Bge-Mir-750  Bko-Mir-750  Bpl-Mir-750  Csc-Mir-750-P7  Csc-Mir-750-P8  Cte-Mir-750  Dgr-Mir-750  Dlo-Mir-750  Dma-Mir-750  Dpu-Mir-750  Eba-Mir-750  Efe-Mir-750-P1  Efe-Mir-750-P2  Efe-Mir-750-P3  Esc-Mir-750  Hme-Mir-750  Hru-Mir-750  Isc-Mir-750  Lan-Mir-750  Lgi-Mir-750  Llo-Mir-750  Lpo-Mir-750-P4  Lpo-Mir-750-P5  Lpo-Mir-750-P6  Mgi-Mir-750  Mom-Mir-750  Npo-Mir-750  Obi-Mir-750  Ofu-Mir-750  Ovu-Mir-750  Pau-Mir-750  Pca-Mir-750  Pcr-Mir-750  Pdu-Mir-750  Pve-Mir-750  Sma-Mir-750  Sme-Mir-750  Snu-Mir-750  Tca-Mir-750  Tur-Mir-750  War-Mir-750 
Node of Origin (locus) Protostomia
Node of Origin (family) Protostomia
Genome context
(Ruditapes_GCA_009026015)
CM018525.1: 41611523-41611581 [+] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
AAGGAUAGUUGUUAACUGAGUGUGGCUGUUGGUUGGAAGGUUUGAUCUUCGCAGUAUUAAGUCAUGCCAGAUCUAACUCUUCCAGCUCACAGACAUAUUAUACAUGAUUCUACACAAUA
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30         40        50         
AAGGAUAGUUGUUAACUG--      G    U         -|  U     UC   GUAUU 
                    AGUGUG CUGU GGUUGGAAG GUU GAUCU  GCA     \
                    UUAUAC GACA UCGACCUUC CAA CUAGA  CGU     A
AUAACACAUCUUAGUACAUA      A    C         U^  U     C-   ACUGA 
       110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsUG at 5p(-14)
Tissue expression
 +
Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru
Star sequence

Rph-Mir-750_5p* (predicted)

mirBase accessionNone
Sequence
0- GGUUGGAAGGUUUGAUCUUCGCA -23
Get sequence
Mature sequence

Rph-Mir-750_3p

mirBase accessionNone
Sequence
36- CCAGAUCUAACUCUUCCAGCUCA -59
Get sequence