MirGeneDB ID | Tca-Mir-29-P2h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUGAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-29-P1 Tca-Mir-29-P2g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-29-P2h Aga-Mir-29-P2h Agr-Mir-29-P2 Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bge-Mir-29-P2h Bla-Mir-29-P2 Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cte-Mir-29-P2 Dan-Mir-29-P2h Dgr-Mir-29-P2 Dma-Mir-29-P2 Dme-Mir-29-P2h Dmo-Mir-29-P2h Dpu-Mir-29-P2 Dsi-Mir-29-P2h Dya-Mir-29-P2h Eba-Mir-29-P2 Esc-Mir-29-P2 Gpa-Mir-29-P2h Gsp-Mir-29 Hme-Mir-29-P2h Hru-Mir-29-P2 Lgi-Mir-29-P2 Lhy-Mir-29-P2 Llo-Mir-29-P2 Mgi-Mir-29-P2 Mom-Mir-29-P2 Npo-Mir-29-P2 Obi-Mir-29-P2 Ofu-Mir-29-P2 Ovu-Mir-29-P2 Pau-Mir-29-P2 Pcr-Mir-29-P2 Pdu-Mir-29-P2 Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Pve-Mir-29-P2 Rph-Mir-29-P2 Sko-Mir-29-P2 Sme-Mir-29-o2 Spu-Mir-29-P2 War-Mir-29-P2 Xbo-Mir-29-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG5: 7197706-7197758 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2h) |
Mir-2-P7
LG5: 7197519-7197576 [+]
Ensembl
Mir-29-P2h LG5: 7197706-7197758 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUAACAUGGGACGCUUUGCCACUACGUUGUACUGAAUUUCAUGUGGGCUGCUGUUUUGCGUAGCACCAUGGGAUUCAGCUCAUCGUUUGGUUAUCUGCUAACUGCUUGCAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAUAACAUGGGACGCUUU---| CU U UA UU UGG UGU GCCA ACG UG CUGAAU CAUG GCUGC U UGGU UGC AC GACUUA GUAC CGAUG U AAACGUUCGUCAAUCGUCUAU^ U- U UC GG CA- CGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tca-Mir-29-P2h_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0018852 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUGAAUUUCAUGUGGGCUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Tca-Mir-29-P2h_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0018853 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
31- UAGCACCAUGGGAUUCAGCUCA -53
Get sequence
|