MirGeneDB ID | Tni-Mir-204-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-204 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCCCUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-204b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-204-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-204-P2 Ami-Mir-204-P2 Bta-Mir-204-P2 Cfa-Mir-204-P2 Cja-Mir-204-P2 Cli-Mir-204-P2 Cmi-Mir-204-P2 Cpi-Mir-204-P2 Cpo-Mir-204-P2 Dno-Mir-204-P2 Dre-Mir-204-P2 Ebu-Mir-204 Eca-Mir-204-P2 Ete-Mir-204-P2 Gga-Mir-204-P2 Gja-Mir-204-P2 Gmo-Mir-204-P2 Hsa-Mir-204-P2 Laf-Mir-204-P2 Lch-Mir-204-P2 Loc-Mir-204-P2 Mal-Mir-204-P2 Mdo-Mir-204-P2 Mml-Mir-204-P2 Mmr-Mir-204-P2 Mmu-Mir-204-P2 Mun-Mir-204-P2 Neu-Mir-204-P2 Oan-Mir-204-P2 Ocu-Mir-204-P2 Pab-Mir-204-P2 Pbv-Mir-204-P2 Pma-Mir-204 Rno-Mir-204-P2 Sha-Mir-204-P2 Spt-Mir-204-P2 Sto-Mir-204-P2 Tgu-Mir-204-P2 Xla-Mir-204-P2a Xla-Mir-204-P2b Xtr-Mir-204-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
12: 981062-981119 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAGCAUCGUCCAGUCAUGUGACCUAUGGACUUCCCUUUGUUAUCCUAUGCCUGGACUCAAAAAAGGGGCUGGGAGGGCAAAGGGUUGCCCAGUUGUCAUACAGUCAUCUGUCAAUGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAGCAUCGUCCAGUCAU--| CUA ACUU UA U GGACUC GUGAC UGG CCCUUUGU UCCUA GCCU \ UACUG ACC GGGAAACG AGGGU CGGG A UUGUAACUGUCUACUGACA^ UUG CGUU GG - GAAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tni-Mir-204-P2_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0002935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCCCUUUGUUAUCCUAUGCCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tni-Mir-204-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GCUGGGAGGGCAAAGGGUUGC -58
Get sequence
|