MirGeneDB ID | Cli-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-130-P1a Cli-Mir-130-P1b Cli-Mir-130-P2a Cli-Mir-130-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-130-P3a Ami-Mir-130-P3a Cmi-Mir-130-P3a Cpi-Mir-130-P3a Dre-Mir-130-P3a1 Gga-Mir-130-P3a Gja-Mir-130-P3a Lch-Mir-130-P3a Loc-Mir-130-P3a Mal-Mir-130-P3a1 Mun-Mir-130-P3a Pbv-Mir-130-P3a Spt-Mir-130-P3a Sto-Mir-130-P3a Tgu-Mir-130-P3a Xla-Mir-130-P3a3 Xla-Mir-130-P3a4 Xtr-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold1320: 497731-497794 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P3a) |
Mir-130-P3a
scaffold1320: 497731-497794 [-]
Mir-130-P2a scaffold1320: 504219-504281 [-] Mir-130-P1a scaffold1320: 505488-505546 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUAUCCAGCUUCCUAACCUUAAGGAUGAGACCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCUUUUGUGAUCAGGGUAGUAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCUUUUCUUUUGAGGGUUAUUCUUCAUGGAGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUAUCCAGCUUCCUAA- - U ---| CU UUUGUG CCUU AAGGA GAGACCCUAU CAAUAUUGC CUGCU A GGAG UUUCU UUCUGGGAUA GUUAUAACG GAUGA U GAGAGGUACUUCUUAUUG U U UUC^ U- UGGGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cli-Mir-130-P3a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038644 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Cli-Mir-130-P3a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038645 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCU -64
Get sequence
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