MirGeneDB ID | Mun-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Microcaecilia (Microcaecilia unicolor) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mun-Mir-130-P1a Mun-Mir-130-P1b Mun-Mir-130-P1c Mun-Mir-130-P2a Mun-Mir-130-P2b Mun-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-130-P3a Ami-Mir-130-P3a Cli-Mir-130-P3a Cmi-Mir-130-P3a Cpi-Mir-130-P3a Dre-Mir-130-P3a1 Gga-Mir-130-P3a Gja-Mir-130-P3a Lch-Mir-130-P3a Loc-Mir-130-P3a Mal-Mir-130-P3a1 Pbv-Mir-130-P3a Spt-Mir-130-P3a Sto-Mir-130-P3a Tgu-Mir-130-P3a Xla-Mir-130-P3a3 Xla-Mir-130-P3a4 Xtr-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Mun_miRNA_loci) |
130-P3a_LR594642.1:57453590-57453853: 101-164 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCCUGGGAAGCCCAGACCUUAAGGAAAAGGCCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCUUUUAUGAUCAGAGAAGCAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCUUUUCUUGGGGAACUUUCACCAUGGAUAAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCCUGGGAAGCCCAGA--- G ---| CU UUUAUG CCUUAA GAAAAGGCCCUAU CAAUAUUGC CUGCU A GGGGUU CUUUUCUGGGAUA GUUAUAACG GACGA U CAAAUAGGUACCACUUUCAA - UUC^ U- AGAGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mun-Mir-130-P3a_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mun-Mir-130-P3a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCU -64
Get sequence
|