MirGeneDB ID | Aca-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-130-P1a Aca-Mir-130-P1b Aca-Mir-130-P1c Aca-Mir-130-P2a Aca-Mir-130-P2b Aca-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-130-P3a Cli-Mir-130-P3a Cmi-Mir-130-P3a Cpi-Mir-130-P3a Dre-Mir-130-P3a1 Gga-Mir-130-P3a Gja-Mir-130-P3a Lch-Mir-130-P3a Loc-Mir-130-P3a Mal-Mir-130-P3a1 Mun-Mir-130-P3a Pbv-Mir-130-P3a Spt-Mir-130-P3a Sto-Mir-130-P3a Tgu-Mir-130-P3a Xla-Mir-130-P3a3 Xla-Mir-130-P3a4 Xtr-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL343282.1: 1189904-1189968 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P3a) |
Mir-130-P4a
GL343282.1: 1188362-1188424 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a GL343282.1: 1189904-1189968 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P2a GL343282.1: 1200201-1200263 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a GL343282.1: 1201646-1201704 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCACCCCCUGUGAGAACUCUGAGGAUAAGACCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCUUCUGUGCUGGAUUCAAGUAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCUUUUCUUUGGGGAGGCGCUCUUCGUGGGAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCACCCCCUGUGAGAA-- UG U ---| CU UCUGUGC CUC AGGA AAGACCCUAU CAAUAUUGC CUGCU \ GGG UUCU UUCUGGGAUA GUUAUAACG GAUGA U GAAGGGUGCUUCUCGCGGA GU U UUC^ U- ACUUAGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Aca-Mir-130-P3a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0021962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Aca-Mir-130-P3a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0021963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCU -65
Get sequence
|