| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-130-P1a Tgu-Mir-130-P1b Tgu-Mir-130-P2a Tgu-Mir-130-P2b Tgu-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P3a Ami-Mir-130-P3a Cli-Mir-130-P3a Cmi-Mir-130-P3a Cpi-Mir-130-P3a Dre-Mir-130-P3a1 Gga-Mir-130-P3a Gja-Mir-130-P3a Lch-Mir-130-P3a Loc-Mir-130-P3a Mal-Mir-130-P3a1 Mun-Mir-130-P3a Pbv-Mir-130-P3a Spt-Mir-130-P3a Sto-Mir-130-P3a Xla-Mir-130-P3a3 Xla-Mir-130-P3a4 Xtr-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
15: 6169809-6169872 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P3a) |
Mir-130-P4a
15: 6168615-6168675 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a 15: 6169809-6169872 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a 15: 6177590-6177648 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUAUCCAGCUUCCUAACCUUAAGGAUGAGACCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCUUUUGUGAUCAGGGUAGUAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCUUUUCUUUUGAGGGUUAUUCUUCAUGGAGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUAUCCAGCUUCCUAA- - U ---| CU UUUGUG CCUU AAGGA GAGACCCUAU CAAUAUUGC CUGCU A GGAG UUUCU UUCUGGGAUA GUUAUAACG GAUGA U GAGAGGUACUUCUUAUUG U U UUC^ U- UGGGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-130-P3a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0027011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-130-P3a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCU -64
Get sequence
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