| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-130b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-130-P1a Tgu-Mir-130-P1b Tgu-Mir-130-P2a Tgu-Mir-130-P2b Tgu-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P4a Bta-Mir-130-P4a Cfa-Mir-130-P4a Cja-Mir-130-P4a Cmi-Mir-130-P4a Cpi-Mir-130-P4a Cpo-Mir-130-P4a Dno-Mir-130-P4a Dre-Mir-130-P4a1 Eca-Mir-130-P4a Ete-Mir-130-P4a Gga-Mir-130-P4a Gja-Mir-130-P4a Hsa-Mir-130-P4a Laf-Mir-130-P4a Lch-Mir-130-P4a Loc-Mir-130-P4a Mal-Mir-130-P4a1 Mdo-Mir-130-P4a Mml-Mir-130-P4a Mmr-Mir-130-P4a Mmu-Mir-130-P4a Mun-Mir-130-P4a Ocu-Mir-130-P4a Pab-Mir-130-P4a Pbv-Mir-130-P4a Rno-Mir-130-P4a Sha-Mir-130-P4a Spt-Mir-130-P4a Sto-Mir-130-P4a Xla-Mir-130-P4a3 Xla-Mir-130-P4a4 Xtr-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
15: 6168615-6168675 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P4a) |
Mir-130-P4a
15: 6168615-6168675 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a 15: 6169809-6169872 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a 15: 6177590-6177648 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCAGCGCUGGGACCACCGGCCGGGCUGCCCCUCUUUCCCUGUUGCACUACUGUCACGGUCGCAGCGAGCAGUGCAAUAAUGAAAGGGCGUCAGUGCGCCGGGGAGCGGCGAGAGCCGGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCCAGCGCUGGGACCAC---| C G - C U CC A GUCACGG CGGC G GCUG C CC CUUUC UGUUGCACU CU \ GCCG C UGAC G GG GAAAG AUAACGUGA GA U GGGGCCGAGAGCGGCGAGGG^ - G U C - UA C GCGACGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-130-P4a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0014646 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUCUUUCCCUGUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-130-P4a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAGUGCAAUAAUGAAAGGGCGU -61
Get sequence
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