| MirGeneDB ID | Dre-Mir-130-P4a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-130b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-130-P1a1 Dre-Mir-130-P1a2 Dre-Mir-130-P1b1 Dre-Mir-130-P2a1 Dre-Mir-130-P2a2 Dre-Mir-130-P2b1 Dre-Mir-130-P3a1 Dre-Mir-130-P3b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P4a Bta-Mir-130-P4a Cfa-Mir-130-P4a Cja-Mir-130-P4a Cmi-Mir-130-P4a Cpi-Mir-130-P4a Cpo-Mir-130-P4a Dno-Mir-130-P4a Eca-Mir-130-P4a Ete-Mir-130-P4a Gga-Mir-130-P4a Gja-Mir-130-P4a Hsa-Mir-130-P4a Laf-Mir-130-P4a Lch-Mir-130-P4a Loc-Mir-130-P4a Mal-Mir-130-P4a1 Mdo-Mir-130-P4a Mml-Mir-130-P4a Mmr-Mir-130-P4a Mmu-Mir-130-P4a Mun-Mir-130-P4a Ocu-Mir-130-P4a Pab-Mir-130-P4a Pbv-Mir-130-P4a Rno-Mir-130-P4a Sha-Mir-130-P4a Spt-Mir-130-P4a Sto-Mir-130-P4a Tgu-Mir-130-P4a Xtr-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr5: 13299343-13299404 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P4a1) |
Mir-130-P1a1
chr5: 13288840-13288898 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2a1 chr5: 13289363-13289425 [+] UCSC Ensembl Mir-130-P3a1 chr5: 13296331-13296395 [+] UCSC Ensembl Mir-130-P4a1 chr5: 13299343-13299404 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUUUUAUUAUUGAUGUCUGUUGCCUGACACUCUUUCCCUGUUGCACUACUGUGGGAGCUGCAGCAAAGCAGUGCAAUAAUGAAAGGGCAUCAGUCCACUGGACCAGACCAGCAAACACACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUUUUUAUUAUUGAUG- GU C-| CA CC A GUGGGAG UCU UG CUGA CUCUUUC UGUUGCACU CU C AGG AC GACU GGGAAAG AUAACGUGA GA U CACACAAACGACCAGACC UC CU^ AC UA C AACGACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-130-P4a1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCUUUCCCUGUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-130-P4a1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001827 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUGCAAUAAUGAAAGGGCAU -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-130b |
