MirGeneDB ID | Dre-Mir-130-P1a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-130c-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-130-P1a2 Dre-Mir-130-P1b1 Dre-Mir-130-P2a1 Dre-Mir-130-P2a2 Dre-Mir-130-P2b1 Dre-Mir-130-P3a1 Dre-Mir-130-P3b1 Dre-Mir-130-P4a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-130-P1a Ami-Mir-130-P1a Cli-Mir-130-P1a Cmi-Mir-130-P1a Cpi-Mir-130-P1a Gga-Mir-130-P1a Gja-Mir-130-P1a Gmo-Mir-130-P1a1 Lch-Mir-130-P1a Loc-Mir-130-P1a Mal-Mir-130-P1a1 Mdo-Mir-130-P1a Mun-Mir-130-P1a Oan-Mir-130-P1a Pbv-Mir-130-P1a Sha-Mir-130-P1a Spt-Mir-130-P1a Sto-Mir-130-P1a Tgu-Mir-130-P1a Xtr-Mir-130-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr5: 13288840-13288898 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1a1) |
Mir-130-P1a1
chr5: 13288840-13288898 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2a1 chr5: 13289363-13289425 [+] UCSC Ensembl Mir-130-P3a1 chr5: 13296331-13296395 [+] UCSC Ensembl Mir-130-P4a1 chr5: 13299343-13299404 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAGUUUCUUUACUGUUGUUGUUGACCAGGGCCCUUUUUCUGUUGUACUACUGUGCAGUCAGAUGAGCAGUGCAAUAUUAAAAGGGCAUUGGCUGACAAAAAAAGAGGAAAGAAAGAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCAGUUUCUUUACUGUUG--| GA G UC A GUGCAG UUGUU CCAG GCCCUUUU UGUUGUACU CU \ AACAG GGUU CGGGAAAA AUAACGUGA GA U AAAGAAAGAAAGGAGAAAAA^ UC A UU C GUAGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dre-Mir-130-P1a1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0031969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCCUUUUUCUGUUGUACUACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Dre-Mir-130-P1a1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001828 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGUGCAAUAUUAAAAGGGCAU -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-130c |