MirGeneDB ID | Gga-Mir-130-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-130a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-130-P1b Gga-Mir-130-P2a Gga-Mir-130-P2b Gga-Mir-130-P3a Gga-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-130-P1a Ami-Mir-130-P1a Cli-Mir-130-P1a Cmi-Mir-130-P1a Cpi-Mir-130-P1a Dre-Mir-130-P1a1 Dre-Mir-130-P1a2 Gja-Mir-130-P1a Gmo-Mir-130-P1a1 Gmo-Mir-130-P1a2 Lch-Mir-130-P1a Loc-Mir-130-P1a Mal-Mir-130-P1a1 Mal-Mir-130-P1a2 Mdo-Mir-130-P1a Mun-Mir-130-P1a Oan-Mir-130-P1a Pbv-Mir-130-P1a Sha-Mir-130-P1a Spt-Mir-130-P1a Sto-Mir-130-P1a Tgu-Mir-130-P1a Tni-Mir-130-P1a2 Xla-Mir-130-P1a3 Xla-Mir-130-P1a4 Xtr-Mir-130-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
15: 703569-703627 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1a) |
Mir-130-P4a
15: 694747-694807 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a 15: 695881-695944 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P2a 15: 702346-702408 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a 15: 703569-703627 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAAGUCUCUGAAGUAUGCUGUUGUCCAGAGCCCUUUUUCUGUUGUACUACUGGCAAUUAUGAUGAGCAGUGCAAUAUUAAAAGGGCAUUGGCUGGCAGAAACAUGACCCCCUUUAGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGAAGUCUCUGAAGUAUG--| U A UC A GGCAAU CUGUUG CCAG GCCCUUUU UGUUGUACU CU \ GACGGU GGUU CGGGAAAA AUAACGUGA GA U ACGAUUUCCCCCAGUACAAA^ C A UU C GUAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-130-P1a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0026532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCCUUUUUCUGUUGUACUACU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-130a-5p miRDB: MIMAT0026532 |
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Mature sequence | Gga-Mir-130-P1a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGUGCAAUAUUAAAAGGGCAU -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-130a-3p miRDB: MIMAT0001167 |