MirGeneDB ID | Gga-Mir-130-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-130c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-130-P1a Gga-Mir-130-P2a Gga-Mir-130-P2b Gga-Mir-130-P3a Gga-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-130-P1b Ami-Mir-130-P1b Cli-Mir-130-P1b Cmi-Mir-130-P1b Cpi-Mir-130-P1b Dre-Mir-130-P1b1 Gja-Mir-130-P1b Lch-Mir-130-P1b Loc-Mir-130-P1b Mdo-Mir-130-P1b Mun-Mir-130-P1b Oan-Mir-130-P1b Pbv-Mir-130-P1b Sha-Mir-130-P1b Spt-Mir-130-P1b Sto-Mir-130-P1b Tgu-Mir-130-P1b Xla-Mir-130-P1b3 Xla-Mir-130-P1b4 Xtr-Mir-130-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
19: 7340157-7340217 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1b) |
Mir-130-P2b
19: 7339868-7339929 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P1b 19: 7340157-7340217 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCUGCUCCAUUGAGCGGUGUCUGUCCAGCGCCCUUUUUAUGUUGUACUACUAGUGAUCAUACACAAAGCAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAUUGGCCAGCAGUGCUGUCUGCAGUGCUCCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCCUGCUCCAUUGAGCGG---| U U C U A AGUGAUC UG CUG CCAG GCCCUUUU AUGUUGUACU CU \ AC GAC GGUU CGGGAAAA UGUAACGUGA GA A UCCCUCGUGACGUCUGUCGUG^ - C A U C AACACAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-130-P1b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0007733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCCUUUUUAUGUUGUACUACU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-130c-5p miRDB: MIMAT0007733 |
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Mature sequence | Gga-Mir-130-P1b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0007734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU -61
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-130c-3p miRDB: MIMAT0007734 |