MirGeneDB ID | Pbv-Mir-130-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pbv-mir-130d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pbv-Mir-130-P1a Pbv-Mir-130-P1c Pbv-Mir-130-P2a Pbv-Mir-130-P2b Pbv-Mir-130-P3a Pbv-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-130-P1b Ami-Mir-130-P1b Cli-Mir-130-P1b Cmi-Mir-130-P1b Cpi-Mir-130-P1b Dre-Mir-130-P1b1 Gga-Mir-130-P1b Gja-Mir-130-P1b Lch-Mir-130-P1b Loc-Mir-130-P1b Mdo-Mir-130-P1b Mun-Mir-130-P1b Oan-Mir-130-P1b Sha-Mir-130-P1b Spt-Mir-130-P1b Sto-Mir-130-P1b Tgu-Mir-130-P1b Xla-Mir-130-P1b3 Xla-Mir-130-P1b4 Xtr-Mir-130-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE959299.1: 49968-50030 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1b) |
Mir-130-P2b
KE959299.1: 49099-49160 [-]
Mir-130-P1b KE959299.1: 49968-50030 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUCUGGAUGGCAAGAGGUGUCUGUCCACUGCCCUUUUUAUGUUGUACUACUAGUGAACACACACAAAAAGCAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAUUGGCCAGCAAUGCUCAGUCAGCUAAAAUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUCUGGAUGGCAAGAGG---| U U C U A AGUGAACA UG CUG CCA UGCCCUUUU AUGUUGUACU CU \ AC GAC GGU ACGGGAAAA UGUAACGUGA GA C CGUAAAAUCGACUGACUCGUA^ - C U U C AAAACACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pbv-Mir-130-P1b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038931 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCCUUUUUAUGUUGUACUACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Pbv-Mir-130-P1b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU -63
Get sequence
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