| MirGeneDB ID | Dre-Mir-130-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUUGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-301b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-130-P1a1 Dre-Mir-130-P1a2 Dre-Mir-130-P1b1 Dre-Mir-130-P2a2 Dre-Mir-130-P2b1 Dre-Mir-130-P3a1 Dre-Mir-130-P3b1 Dre-Mir-130-P4a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P2a Ami-Mir-130-P2a Bta-Mir-130-P2a Cfa-Mir-130-P2a Cja-Mir-130-P2a Cli-Mir-130-P2a Cmi-Mir-130-P2a Cpi-Mir-130-P2a Cpo-Mir-130-P2a Dno-Mir-130-P2a Eca-Mir-130-P2a Gga-Mir-130-P2a Gja-Mir-130-P2a Gmo-Mir-130-P2a1 Hsa-Mir-130-P2a Laf-Mir-130-P2a Lch-Mir-130-P2a Loc-Mir-130-P2a Mal-Mir-130-P2a1 Mml-Mir-130-P2a Mmr-Mir-130-P2a Mmu-Mir-130-P2a Mun-Mir-130-P2a Oan-Mir-130-P2a Ocu-Mir-130-P2a Pab-Mir-130-P2a Pbv-Mir-130-P2a Rno-Mir-130-P2a Spt-Mir-130-P2a Sto-Mir-130-P2a Tgu-Mir-130-P2a Xtr-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr5: 13289363-13289425 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P2a1) |
Mir-130-P1a1
chr5: 13288840-13288898 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2a1 chr5: 13289363-13289425 [+] UCSC Ensembl Mir-130-P3a1 chr5: 13296331-13296395 [+] UCSC Ensembl Mir-130-P4a1 chr5: 13299343-13299404 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAUGCUUUUCGGCUGUGCUAAGGUCUGUUGCUUUGACGAUGUUGCACUACUGAACCAUCUAAUCAAGCAGUGCAAUAGUAUUGUCAUUGCAUUCGGCUUUCGCCUACUCACCCACUAUACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUGCUUUUCGGCUGU-- U UGU UU ---| A GAACCA GC AAGGUC UGC UGACGAU GUUGCACU CU U CG UUUCGG ACG ACUGUUA UAACGUGA GA C GACAUAUCACCCACUCAUC C CUU UU UGA^ C ACUAAU 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-130-P2a1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0031990 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUUGACGAUGUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Star sequence | Dre-Mir-130-P2a1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGUGCAAUAGUAUUGUCAUUGCAU -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-301b |
