MirGeneDB ID | Laf-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Laf-Mir-130-P1c Laf-Mir-130-P2b Laf-Mir-130-P3b Laf-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-130-P2a Ami-Mir-130-P2a Bta-Mir-130-P2a Cfa-Mir-130-P2a Cja-Mir-130-P2a Cli-Mir-130-P2a Cmi-Mir-130-P2a Cpi-Mir-130-P2a Cpo-Mir-130-P2a Dno-Mir-130-P2a Dre-Mir-130-P2a1 Dre-Mir-130-P2a2 Eca-Mir-130-P2a Gga-Mir-130-P2a Gja-Mir-130-P2a Gmo-Mir-130-P2a1 Gmo-Mir-130-P2a2 Hsa-Mir-130-P2a Lch-Mir-130-P2a Loc-Mir-130-P2a Mal-Mir-130-P2a1 Mal-Mir-130-P2a2 Mml-Mir-130-P2a Mmr-Mir-130-P2a Mmu-Mir-130-P2a Mun-Mir-130-P2a Oan-Mir-130-P2a Ocu-Mir-130-P2a Pab-Mir-130-P2a Pbv-Mir-130-P2a Rno-Mir-130-P2a Spt-Mir-130-P2a Sto-Mir-130-P2a Tgu-Mir-130-P2a Tni-Mir-130-P2a2 Xla-Mir-130-P2a3 Xla-Mir-130-P2a4 Xtr-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010097.1: 764034-764093 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGCUGGGAUCCCACCUUCUGGCCGCAGGUGCUCUGACGAGGUUGCACUACUGUGCGCUGAGAAGCAGUGCAAUGAUAUUGUCAAAGCAUCUGGGACCAGCCUUGGGGAUCCCCCCCAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAGCUGGGAUCCCACCUU-- - G C G---| A GUGCG CUGG CC CAGGUGCU UGACGA GUUGCACU CU \ GACC GG GUCUACGA ACUGUU UAACGUGA GA C CGACCCCCCCUAGGGGUUCC A - A AUAG^ C AGAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Laf-Mir-130-P2a_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCUCUGACGAGGUUGCACUACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Laf-Mir-130-P2a_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CAGUGCAAUGAUAUUGUCAAAGCAU -60
Get sequence
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