| MirGeneDB ID | Eca-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | eca-mir-301b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Eca-Mir-130-P1c Eca-Mir-130-P2b Eca-Mir-130-P3b Eca-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P2a Ami-Mir-130-P2a Bta-Mir-130-P2a Cfa-Mir-130-P2a Cja-Mir-130-P2a Cli-Mir-130-P2a Cmi-Mir-130-P2a Cpi-Mir-130-P2a Cpo-Mir-130-P2a Dno-Mir-130-P2a Dre-Mir-130-P2a1 Dre-Mir-130-P2a2 Gga-Mir-130-P2a Gja-Mir-130-P2a Gmo-Mir-130-P2a1 Gmo-Mir-130-P2a2 Hsa-Mir-130-P2a Laf-Mir-130-P2a Lch-Mir-130-P2a Loc-Mir-130-P2a Mal-Mir-130-P2a1 Mal-Mir-130-P2a2 Mml-Mir-130-P2a Mmr-Mir-130-P2a Mmu-Mir-130-P2a Mun-Mir-130-P2a Oan-Mir-130-P2a Ocu-Mir-130-P2a Pab-Mir-130-P2a Pbv-Mir-130-P2a Rno-Mir-130-P2a Spt-Mir-130-P2a Sto-Mir-130-P2a Tgu-Mir-130-P2a Tni-Mir-130-P2a2 Xla-Mir-130-P2a3 Xla-Mir-130-P2a4 Xtr-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009155.1: 5383504-5383562 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P2a) |
Mir-130-P2a
CM009155.1: 5383504-5383562 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P4a CM009155.1: 5383829-5383887 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGACGGUGGGUCCCUCCUGCUGGCCGCAGGUGCUGUGACGAUGUUGCACUACUGUGCUCUGAGAAGCAGUGCAAUGAUAUUGUCAAAGCAUCUGGGACUAGCCUUGGGGACCUCCCUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGACGGUGGGUCCCUCCUG - G G ---| A GUGCU CUGG CC CAGGUGCU UGACGAUGU UGCACU CU \ GAUC GG GUCUACGA ACUGUUAUA ACGUGA GA C CUUCCCUCCAGGGGUUCC- A - A GUA^ C AGAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Eca-Mir-130-P2a_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0013000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUGUGACGAUGUUGCACUACU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Eca-Mir-130-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAGUGCAAUGAUAUUGUCAAAGC -59
Get sequence
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