MirGeneDB ID | Eca-Mir-130-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-130-P1c Eca-Mir-130-P2a Eca-Mir-130-P2b Eca-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-130-P3b Cfa-Mir-130-P3b Cja-Mir-130-P3b Cmi-Mir-130-P3b Cpo-Mir-130-P3b Dno-Mir-130-P3b Dre-Mir-130-P3b1 Gmo-Mir-130-P3b1 Hsa-Mir-130-P3b Laf-Mir-130-P3b Lch-Mir-130-P3b Mdo-Mir-130-P3b Mml-Mir-130-P3b Neu-Mir-130-P3b Oan-Mir-130-P3b Pab-Mir-130-P3b Sha-Mir-130-P3b Sto-Mir-130-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009158.1: 33581060-33581124 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P3b) |
Mir-130-P3b
CM009158.1: 33581060-33581124 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2b CM009158.1: 33590204-33590265 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUAUUUCCUGUUAACCACCAGAUCCUAGAACCCUAUCGAUAUUGUCUCUGCUGUGUAAAUCGCUCUGAGUAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUUUGGUGUUUGGGAAGAACAAUGAGGAGGCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUAUUUCCUGUUAACCA-- UC ---| CU GUGUAAA CCAGA CUAGAACCCUAU CGAUAUUGU CUGCU \ GGUUU GGUUUUGGGAUA GUUAUAACG GAUGA U GUCGGAGGAGUAACAAGAAG GU UUC^ U- GUCUCGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-130-P3b_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCCUAUCGAUAUUGUCUCUGCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-130-P3b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0013042 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU -65
Get sequence
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