MirGeneDB ID | Cfa-Mir-130-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-130-P1c Cfa-Mir-130-P2a Cfa-Mir-130-P2b Cfa-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-130-P3b Cmi-Mir-130-P3b Cpo-Mir-130-P3b Dno-Mir-130-P3b Dre-Mir-130-P3b1 Gmo-Mir-130-P3b1 Hsa-Mir-130-P3b Lch-Mir-130-P3b Mdo-Mir-130-P3b Mml-Mir-130-P3b Oan-Mir-130-P3b Sha-Mir-130-P3b Sto-Mir-130-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr9: 33714194-33714258 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P3b) |
Mir-130-P3b
chr9: 33714194-33714258 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2b chr9: 33724582-33724643 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAAUUUUCUGUUUAUGACCAGAUCCUAGAACCCUAUCGAUAUUGUCUCUGCUGUGUAAAUAGCUCUGAGUAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUUUGGUGUUUGGGAAGAACGAUGGGCAGGUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAAUUUUCUGUUUAUGA-- UC ---| CU GUGUAAA CCAGA CUAGAACCCUAU CGAUAUUGU CUGCU \ GGUUU GGUUUUGGGAUA GUUAUAACG GAUGA U GUUGGACGGGUAGCAAGAAG GU UUC^ U- GUCUCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-130-P3b_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCCUAUCGAUAUUGUCUCUGCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-130-P3b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009927 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU -65
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-454 miRDB: MIMAT0009927 |