MirGeneDB ID | Bta-Mir-130-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-130-P1c Bta-Mir-130-P2a Bta-Mir-130-P2b Bta-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-130-P3b Cja-Mir-130-P3b Cmi-Mir-130-P3b Cpo-Mir-130-P3b Dno-Mir-130-P3b Dre-Mir-130-P3b1 Eca-Mir-130-P3b Gmo-Mir-130-P3b1 Hsa-Mir-130-P3b Laf-Mir-130-P3b Lch-Mir-130-P3b Mdo-Mir-130-P3b Mml-Mir-130-P3b Neu-Mir-130-P3b Oan-Mir-130-P3b Pab-Mir-130-P3b Sha-Mir-130-P3b Sto-Mir-130-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037346.1: 10111659-10111723 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P3b) |
Mir-130-P3b
NC_037346.1: 10111659-10111723 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2b NC_037346.1: 10121303-10121364 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAUUUUCCUGUUUAUUACCAGAUCCUAGAACCCUAUCGAUAUUGUCUCUGCUGUGUAAAUAGCUCUGAGUAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUUUGGUGUUUGGGAAGAACAAUGGGCAUGUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAUUUUCCUGUUUAUUA-- UC ---| CU GUGUAAA CCAGA CUAGAACCCUAU CGAUAUUGU CUGCU \ GGUUU GGUUUUGGGAUA GUUAUAACG GAUGA U GUUGUACGGGUAACAAGAAG GU UUC^ U- GUCUCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bta-Mir-130-P3b_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCCUAUCGAUAUUGUCUCUGCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Bta-Mir-130-P3b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009326 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU -65
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-454 |