| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-130-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-130-P1a Mdo-Mir-130-P1b Mdo-Mir-130-P1c Mdo-Mir-130-P2b Mdo-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-130-P3b Cfa-Mir-130-P3b Cja-Mir-130-P3b Cmi-Mir-130-P3b Cpo-Mir-130-P3b Dno-Mir-130-P3b Dre-Mir-130-P3b1 Eca-Mir-130-P3b Gmo-Mir-130-P3b1 Hsa-Mir-130-P3b Laf-Mir-130-P3b Lch-Mir-130-P3b Mml-Mir-130-P3b Neu-Mir-130-P3b Oan-Mir-130-P3b Pab-Mir-130-P3b Sha-Mir-130-P3b Sto-Mir-130-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
2: 172999062-172999126 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P3b) |
Mir-130-P1b
2: 172985794-172985856 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2b 2: 172986787-172986848 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUCUUGUUGAUAAUUAAUAGAUCCAUGAACCCUAUCAAUGUGGUCUCUGCUGUGUACAUAGCUGUAAGUAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUUUAGUUUUUGGAAAGAACAGUGGCCAAGCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUCUUGUUGAUAAUUAAUAGA U------ ---| G CU GUGUACA UCCA GAACCCUAU CAAUGU GU CUGCU \ AGGU UUUGGGAUA GUUAUA CG GAUGA U GUCGAACCGGUGACAAGAA---- UUUUGAU UUC^ A U- AUGUCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-130-P3b_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUAUCAAUGUGGUCUCUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mdo-Mir-130-P3b_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU -65
Get sequence
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