| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-876-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-876 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-876-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-876-v2 Cfa-Mir-876-v2 Cja-Mir-876-v2 Dno-Mir-876-v2 Eca-Mir-876-v2 Ete-Mir-876 Hsa-Mir-876-v2 Laf-Mir-876-v2 Mml-Mir-876-v2 Mmr-Mir-876 Ocu-Mir-876-v2 Pab-Mir-876-v2 Rno-Mir-876-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_2: 7371449-7371511 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-876-v2) |
Mir-873-v1
scaffold_2: 7394199-7394257 [-]
UCSC
Mir-873-v2 scaffold_2: 7394200-7394256 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCAAGCUUUAUACAAACUGUGAAGUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUGAGCUAAUGUGGUGGUGGUUUACAAAGUAAUUCAUAGUGCUUCACAGGUGCUUCUGCAAUUGAUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCAAGCUUUAUACAAA--| UG U UAUCUGAG CUGUGAAG CUGUGGAUU CUUUGUGAAUCACCA \ GACACUUC GAUACUUAA GAAACAUUUGGUGGU C UCUAGUUAACGUCUUCGUG^ GU U GGUGUAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-876-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAUUUCUUUGUGAAUCACCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-876-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GUGGUUUACAAAGUAAUUCAUA -63
Get sequence
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