MirGeneDB ID | Eca-Mir-876-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-876 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-876-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-876-v2 Cfa-Mir-876-v2 Cja-Mir-876-v2 Cpo-Mir-876-v2 Dno-Mir-876-v2 Ete-Mir-876 Hsa-Mir-876-v2 Laf-Mir-876-v2 Mml-Mir-876-v2 Mmr-Mir-876 Ocu-Mir-876-v2 Pab-Mir-876-v2 Rno-Mir-876-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009170.1: 46212005-46212067 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-876-v2) |
Mir-876-v2
CM009170.1: 46212005-46212067 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-876-v1 CM009170.1: 46212007-46212065 [-] UCSC Ensembl Mir-873-v1 CM009170.1: 46232418-46232476 [-] UCSC Ensembl Mir-873-v2 CM009170.1: 46232419-46232475 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCAAGCUUUACCCAAACUGUGAAGUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUGAGCUAAUGUGGUGGUGGUUUACAAAGUAAUUCAUAGUGCUUCACAGGUGCUUCUGCAGUUGAUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCAAGCUUUACCCAAA--| UG U UAUCUGAG CUGUGAAG CUGUGGAUU CUUUGUGAAUCACCA \ GACACUUC GAUACUUAA GAAACAUUUGGUGGU C UCUAGUUGACGUCUUCGUG^ GU U GGUGUAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-876-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0013121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAUUUCUUUGUGAAUCACCA -22
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-876-v2_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0013122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- GUGGUUUACAAAGUAAUUCAUA -63
Get sequence
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