MirGeneDB ID | Ete-Mir-876 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-876 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGUGGUU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-876-v1 Bta-Mir-876-v2 Cfa-Mir-876-v1 Cfa-Mir-876-v2 Cja-Mir-876-v1 Cja-Mir-876-v2 Cpo-Mir-876-v1 Cpo-Mir-876-v2 Dno-Mir-876-v1 Dno-Mir-876-v2 Eca-Mir-876-v1 Eca-Mir-876-v2 Hsa-Mir-876-v1 Hsa-Mir-876-v2 Laf-Mir-876-v1 Laf-Mir-876-v2 Mml-Mir-876-v1 Mml-Mir-876-v2 Mmr-Mir-876 Ocu-Mir-876-v1 Ocu-Mir-876-v2 Pab-Mir-876-v1 Pab-Mir-876-v2 Rno-Mir-876-v1 Rno-Mir-876-v2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980356: 5665041-5665099 [-] UCSC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUACCAAGCUUAUGACUGUGAAGUGCUGUGGAUUUCUUUGUGAAUCACCAUAUCUAAGCUAAUGUGGUGGUGGUUUUCAAAGUAAUUCACAUUGCUUCACAGAUGCUUCUAUAGGUGAAGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUACCAAGCUUAUGACU--| GC U U AUCUAAG GUGAAGU UGUGGAUU CUUUG GAAUCACCAU \ CACUUCG ACACUUAA GAAAC UUUGGUGGUG C AAGUGGAUAUCUUCGUAGA^ UU U U GUGUAAU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ete-Mir-876_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAUUUCUUUGUGAAUCACCAUA -22
Get sequence
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Mature sequence | Ete-Mir-876_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGGUGGUUUUCAAAGUAAUUCA -59
Get sequence
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