MirGeneDB ID | Gga-Mir-122-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-122 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-122-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-122-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-122 Ami-Mir-122 Bta-Mir-122 Cfa-Mir-122 Cja-Mir-122 Cli-Mir-122 Cmi-Mir-122 Cpi-Mir-122 Cpo-Mir-122 Dno-Mir-122 Dre-Mir-122 Eca-Mir-122 Ete-Mir-122 Gja-Mir-122 Gmo-Mir-122 Hsa-Mir-122 Laf-Mir-122 Lch-Mir-122 Loc-Mir-122 Mal-Mir-122 Mdo-Mir-122 Mml-Mir-122 Mmr-Mir-122 Mmu-Mir-122 Mun-Mir-122 Neu-Mir-122 Oan-Mir-122 Ocu-Mir-122 Pab-Mir-122 Pbv-Mir-122 Pma-Mir-122 Rno-Mir-122 Sha-Mir-122 Spt-Mir-122 Sto-Mir-122 Tgu-Mir-122 Tni-Mir-122 Xtr-Mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | G. gallus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
W: 2916998-2917055 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAUGGACUAAUGAUCUACGGCCAGAGCUAUGGAGUGUGACAAUGGUGUUUGUGUCCAAUCUAUCAAACGCCAUUAUCACACUAAAUAGCUACUGGUAGAUGAGACAUCAAUUUGGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAUGGACUAAUGAUCUACG- -| GG C UGUCC GCCAG AGCUAU AGUGUGA AAUGGUGUUUG A UGGUC UCGAUA UCACACU UUACCGCAAAC A AAGGUUUAACUACAGAGUAGA A^ AA A UAUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gga-Mir-122-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0001190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-122-5p miRDB: MIMAT0001190 |
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Star sequence | Gga-Mir-122-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0026550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AACGCCAUUAUCACACUAAAUA -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-122-3p miRDB: MIMAT0026550 |