| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-122 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-122 Ami-Mir-122 Bta-Mir-122 Cfa-Mir-122 Cja-Mir-122 Cli-Mir-122 Cmi-Mir-122 Cpi-Mir-122 Cpo-Mir-122 Dno-Mir-122 Dre-Mir-122 Ebu-Mir-122-P3 Ebu-Mir-122-P4 Eca-Mir-122 Ete-Mir-122 Gga-Mir-122-P1 Gga-Mir-122-P2 Gja-Mir-122 Gmo-Mir-122 Hsa-Mir-122 Laf-Mir-122 Lch-Mir-122 Loc-Mir-122 Mal-Mir-122 Mdo-Mir-122 Mml-Mir-122 Mmr-Mir-122 Mmr-Mir-122-as Mun-Mir-122 Neu-Mir-122 Oan-Mir-122 Ocu-Mir-122 Pab-Mir-122 Pbv-Mir-122 Pma-Mir-122 Rno-Mir-122 Sha-Mir-122 Spt-Mir-122 Sto-Mir-122 Tgu-Mir-122 Tni-Mir-122 Xla-Mir-122-P5 Xla-Mir-122-P6 Xtr-Mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr18: 65248866-65248923 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGCCUGACAGACUUUCCUUAGCAGAGCUGUGGAGUGUGACAAUGGUGUUUGUGUCCAAACCAUCAAACGCCAUUAUCACACUAAAUAGCUACUGCUAGGCAAUCCGUCCACUCCACGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUGCCUGACAGACUUUC- -| GG C UGUCC CUUAGCAG AGCUGU AGUGUGA AAUGGUGUUUG A GGAUCGUC UCGAUA UCACACU UUACCGCAAAC A GCACCUCACCUGCCUAAC A^ AA A UACCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The Dicer cut is shifted +1 in murid rodents relative to other vertebrates (except Echinops). The ancestral cut though is also seen and this cut is mono-adenylated at the 3p end. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-122_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUGU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000246 TargetScanVert: mmu-miR-122-5p miRDB: MIMAT0000246 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-122_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AAACGCCAUUAUCACACUAAAUA -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-122-3p miRDB: MIMAT0017005 |
