MirGeneDB ID | Cja-Mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-122 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-122 Ami-Mir-122 Bta-Mir-122 Cfa-Mir-122 Cli-Mir-122 Cmi-Mir-122 Cpi-Mir-122 Cpo-Mir-122 Dno-Mir-122 Dre-Mir-122 Ebu-Mir-122-P3 Ebu-Mir-122-P4 Eca-Mir-122 Ete-Mir-122 Gga-Mir-122-P1 Gga-Mir-122-P2 Gja-Mir-122 Gmo-Mir-122 Hsa-Mir-122 Laf-Mir-122 Lch-Mir-122 Loc-Mir-122 Mal-Mir-122 Mdo-Mir-122 Mml-Mir-122 Mmr-Mir-122 Mmr-Mir-122-as Mmu-Mir-122 Mun-Mir-122 Neu-Mir-122 Oan-Mir-122 Ocu-Mir-122 Pab-Mir-122 Pbv-Mir-122 Pma-Mir-122 Rno-Mir-122 Sha-Mir-122 Spt-Mir-122 Sto-Mir-122 Tgu-Mir-122 Tni-Mir-122 Xla-Mir-122-P5 Xla-Mir-122-P6 Xtr-Mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021927.1: 96496673-96496730 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUGGCUACAGAUUUUCCUUAGCAGAGCUGUGGAGUGUGACAAUGGUGUUUGUGUCUAAACUAUCAAACGCCAUUAUCACACUAAAUAGCUACUGCUAGGCAAUCCCUCGAUAAAUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAUGGCUACAGAUUUUC- -| GG C UGUCU CUUAGCAG AGCUGU AGUGUGA AAUGGUGUUUG A GGAUCGUC UCGAUA UCACACU UUACCGCAAAC A UGUAAAUAGCUCCCUAAC A^ AA A UAUCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cja-Mir-122_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cja-Mir-122_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AACGCCAUUAUCACACUAAAUA -58
Get sequence
|