| MirGeneDB ID | Gga-Mir-430-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gga-mir-302c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gga-Mir-430-P1 Gga-Mir-430-P3 Gga-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-430-P2 Bta-Mir-430-P2 Cfa-Mir-430-P2 Cja-Mir-430-P2 Cli-Mir-430-P2 Cmi-Mir-430-P2 Cpi-Mir-430-P2 Cpo-Mir-430-P2 Dno-Mir-430-P2 Dre-Mir-430-o2a1 Dre-Mir-430-o2a2 Dre-Mir-430-o2a3 Dre-Mir-430-o2a4 Dre-Mir-430-o2a5 Dre-Mir-430-o2a6 Dre-Mir-430-o2a7 Dre-Mir-430-o2a8 Dre-Mir-430-o2a9 Dre-Mir-430-o2a10 Dre-Mir-430-o2a11 Dre-Mir-430-o2a12 Dre-Mir-430-o2a13 Dre-Mir-430-o2a14 Dre-Mir-430-o2b Dre-Mir-430-o2c1 Dre-Mir-430-o2c2 Dre-Mir-430-o2c3 Dre-Mir-430-o2d1 Dre-Mir-430-o2d2 Eca-Mir-430-P2 Ete-Mir-430-P2 Hsa-Mir-430-P2 Laf-Mir-430-P2 Mdo-Mir-430-P2 Mml-Mir-430-P2 Mmr-Mir-430-P2 Mmu-Mir-430-P2 Neu-Mir-430-P2 Oan-Mir-430-P2 Ocu-Mir-430-P2 Pab-Mir-430-P2 Sha-Mir-430-P2 Spt-Mir-430-P2 Sto-Mir-430-P2 Tgu-Mir-430-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
4: 57084446-57084502 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P2) |
Mir-430-P1
4: 57084186-57084246 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P2 4: 57084446-57084502 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P3 4: 57084749-57084807 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P4 4: 57085084-57085144 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2a 4: 57085223-57085282 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUCAGAAGGAUUUUCAAAGGACUUCCUCCGCUUUAACAUGGAGGUACCUGCUGCCUACAAAAGUAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGGUGGUGGAUCCUAAUGUCUGAAACAUUUUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUUCAGAAGGAUUUUCAA- -| U U UU C GCCU AGGA CU CC CCGCU AACAUGGAGGUAC UGCU \ UCCU GG GG GGUGA UUGUACCUUCGUG AUGA A CUUUUUACAAAGUCUGUAA A^ U U CU A AAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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|
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| Star sequence | Gga-Mir-430-P2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUUAACAUGGAGGUACCUGCU -23
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-302c-5p miRDB: MIMAT0003358 |
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| Mature sequence | Gga-Mir-430-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGG -57
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-302c-3p miRDB: MIMAT0003359 |
