MirGeneDB ID | Laf-Mir-430-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-430 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGCU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Laf-Mir-430-o44 Laf-Mir-430-P1 Laf-Mir-430-P3 Laf-Mir-430-P4 Laf-Mir-430-P5 Laf-Mir-430-P7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-430-P2 Bta-Mir-430-P2 Cfa-Mir-430-P2 Cja-Mir-430-P2 Cli-Mir-430-P2 Cmi-Mir-430-P2 Cpi-Mir-430-P2 Cpo-Mir-430-P2 Dno-Mir-430-P2 Dre-Mir-430-o2a1 Dre-Mir-430-o2a2 Dre-Mir-430-o2a3 Dre-Mir-430-o2a4 Dre-Mir-430-o2a5 Dre-Mir-430-o2a6 Dre-Mir-430-o2a7 Dre-Mir-430-o2a8 Dre-Mir-430-o2a9 Dre-Mir-430-o2a10 Dre-Mir-430-o2a11 Dre-Mir-430-o2a12 Dre-Mir-430-o2a13 Dre-Mir-430-o2a14 Dre-Mir-430-o2b Dre-Mir-430-o2c1 Dre-Mir-430-o2c2 Dre-Mir-430-o2c3 Dre-Mir-430-o2d1 Dre-Mir-430-o2d2 Eca-Mir-430-P2 Ete-Mir-430-P2 Gga-Mir-430-P2 Hsa-Mir-430-P2 Mdo-Mir-430-P2 Mml-Mir-430-P2 Mmr-Mir-430-P2 Mmu-Mir-430-P2 Neu-Mir-430-P2 Oan-Mir-430-P2 Ocu-Mir-430-P2 Pab-Mir-430-P2 Sha-Mir-430-P2 Spt-Mir-430-P2 Sto-Mir-430-P2 Tgu-Mir-430-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010041.1: 21847908-21847967 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUAUUUUUAGAGGCUUAAGGGAACCCCUUUGCUUUAACAUGGGGGUACCUGCUGUGUAAAAUAAAAGUAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGGAGGUGUCUCCAAACCGACACUUCUCUGUCUGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUAUUUUUAGAGGCUUAA--| GA C UG UU C GUGUA GG AC CCUU CU AACAUGGGGGUAC UGCU A CC UG GGAG GA UUGUACCUUCGUG AUGA A UCUGUCUCUUCACAGCCAAA^ UC U GU CU A AAAUA . 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Laf-Mir-430-P2_5p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCUUUAACAUGGGGGUACCUGCU -23
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Laf-Mir-430-P2_3p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGG -60
Get sequence
|