| MirGeneDB ID | Lan-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lingula (Lingula anatina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lan-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bge-Mir-87-P1 Cbr-Mir-87-o1 Cel-Mir-87-o1 Csc-Mir-87-P1k1 Csc-Mir-87-P1k2 Csc-Mir-87-P1l Cte-Mir-87-P1 Dgr-Mir-87-P1 Dlo-Mir-87-P1 Gsp-Mir-87 Hru-Mir-87-P1 Isc-Mir-87-P1 Lgi-Mir-87-P1 Lpo-Mir-87-P1c Lpo-Mir-87-P1d Lpo-Mir-87-P1e Lpo-Mir-87-P1f Lpo-Mir-87-P1g Lpo-Mir-87-P1h Lpo-Mir-87-P1i Lpo-Mir-87-P1j Mgi-Mir-87-P1 Ofu-Mir-87-P1 Pau-Mir-87-P1 Pve-Mir-87-P1 Sne-Mir-87 Snu-Mir-87-P1 Tca-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LinAna_1.0) |
LFEI01000460: 49414-49469 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCCAAUAAAGAGAAACUCGUCUGCCUGACGUGCCUGAAAUUUUGACUCAAGCCUGAUAGUAAGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGUCAGUCUGACGGUCUGACAACUGUGUGGGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGCCAAUAAAGAGAAAC--| UGC UG A AA GAU UCGUC CUGACG CCUGAAAUUUUG CUC GCCU \ GGCAG GACUGU GGACUUUGAAAC GAG UGGA A UAGGGUGUGUCAACAGUCU^ UCU GU - -- AUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Lan-Mir-87-P1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUGAAAUUUUGACUCAAGCCU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Lan-Mir-87-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGU -56
Get sequence
|
