MirGeneDB ID | Tca-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-87a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bge-Mir-87-P1 Cbr-Mir-87-o1 Cel-Mir-87-o1 Csc-Mir-87-P1k1 Csc-Mir-87-P1k2 Csc-Mir-87-P1l Cte-Mir-87-P1 Dgr-Mir-87-P1 Dlo-Mir-87-P1 Gsp-Mir-87 Hru-Mir-87-P1 Isc-Mir-87-P1 Lan-Mir-87-P1 Lgi-Mir-87-P1 Lpo-Mir-87-P1c Lpo-Mir-87-P1d Lpo-Mir-87-P1e Lpo-Mir-87-P1f Lpo-Mir-87-P1g Lpo-Mir-87-P1h Lpo-Mir-87-P1i Lpo-Mir-87-P1j Mgi-Mir-87-P1 Ofu-Mir-87-P1 Pau-Mir-87-P1 Pve-Mir-87-P1 Sne-Mir-87 Snu-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG6: 1499347-1499408 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-P1) |
Mir-87-P1
LG6: 1499347-1499408 [+]
Ensembl
Mir-87-P2 LG6: 1502215-1502272 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAGAUGAUGGGAGGUUUGCCAGUCGUUGACGGGCUUGAAAUCUUGCUCUCCCGUGAUUAUUUCGUAAAGGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGUCAAAGGCUUUGGAUACACAACGAUGGAAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGAUGAUGGGAGGUUUG --| G G UC U GUGAUUA CC AGUC UUGACG GCUUGAAA UUGCUC CCC U GG UCGG AACUGU UGGACUUU AACGAG GGG U AUAAGGUAGCAACACAUA UU^ A G GA U AAAUGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There appears to be a second Drosha cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tca-Mir-87-P1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0019110 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGCUUGAAAUCUUGCUCUCCC -22
Get sequence
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Mature sequence | Tca-Mir-87-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0008366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGU -62
Get sequence
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