| MirGeneDB ID | Hru-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red Abalone (Haliotis rufescens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hru-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bge-Mir-87-P1 Cbr-Mir-87-o1 Cel-Mir-87-o1 Csc-Mir-87-P1k1 Csc-Mir-87-P1k2 Csc-Mir-87-P1l Cte-Mir-87-P1 Dgr-Mir-87-P1 Dlo-Mir-87-P1 Gsp-Mir-87 Isc-Mir-87-P1 Lan-Mir-87-P1 Lgi-Mir-87-P1 Lpo-Mir-87-P1c Lpo-Mir-87-P1d Lpo-Mir-87-P1e Lpo-Mir-87-P1f Lpo-Mir-87-P1g Lpo-Mir-87-P1h Lpo-Mir-87-P1i Lpo-Mir-87-P1j Mgi-Mir-87-P1 Ofu-Mir-87-P1 Pau-Mir-87-P1 Pve-Mir-87-P1 Sne-Mir-87 Snu-Mir-87-P1 Tca-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_023055435.1_xgHalRufe1.0.p_genomic_plus_traces) |
JALGQA010000010.1: 16274339-16274397 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUAUCUCCCCUGUUUAGUGUUUGUUGGCUGUGCCUAAGAUUUUGGCUCAAACCUGCAGAUAACAAGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGCAUUUAACAGAUAUACUAACAUCAGACAGAUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUAUCUCCCCUGUUUA--| C UG A G AA GCAG GUGUUUGUUGG UG CCU AGAUUUUG CUC ACCU A UAUAGACAAUU AC GGA UUUGAAAC GAG UGGA U UCUAGACAGACUACAAUCA^ U GU C - -- ACAA 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Hru-Mir-87-P1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUAAGAUUUUGGCUCAAACCU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Hru-Mir-87-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGCAU -59
Get sequence
|
