| MirGeneDB ID | Pve-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Vernerds tusk shell (Pictodentalium vernedei) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pve-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bge-Mir-87-P1 Cbr-Mir-87-o1 Cel-Mir-87-o1 Csc-Mir-87-P1k1 Csc-Mir-87-P1k2 Csc-Mir-87-P1l Cte-Mir-87-P1 Dgr-Mir-87-P1 Dlo-Mir-87-P1 Gsp-Mir-87 Hru-Mir-87-P1 Isc-Mir-87-P1 Lan-Mir-87-P1 Lgi-Mir-87-P1 Lpo-Mir-87-P1c Lpo-Mir-87-P1d Lpo-Mir-87-P1e Lpo-Mir-87-P1f Lpo-Mir-87-P1g Lpo-Mir-87-P1h Lpo-Mir-87-P1i Lpo-Mir-87-P1j Mgi-Mir-87-P1 Ofu-Mir-87-P1 Pau-Mir-87-P1 Sne-Mir-87 Snu-Mir-87-P1 Tca-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PVE_manual_microRNAloci) |
CM062288.1:171049914-171050172: 101-159 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUCUGGAAGAAGGGAUAUAUUUGUCUGGUGUGCCUGAAAUUUUGUCUCAAGCCUGUGUGCAGAAAGGUGAGCAAAGUUUCAGGUAUAUUAGAUGGAUAGUUAAUCAUCAUCUUCAUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUCUGGAAGAAGGGAUA--| UG U AA GUGU UAUU UCUGGUGUGCCUGAAAUUUUG CUC GCCU G AUAG AGAUUAUAUGGACUUUGAAAC GAG UGGA C UCUACUUCUACUACUAAUUG^ GU - -- AAGA 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pve-Mir-87-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUGAAAUUUUGUCUCAAGCCU -25
Get sequence
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| Mature sequence | Pve-Mir-87-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUGAGCAAAGUUUCAGGUAUAU -59
Get sequence
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