MirGeneDB ID | Mgi-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pacific oyster (Magallana gigas) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mgi-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bge-Mir-87-P1 Cbr-Mir-87-o1 Cel-Mir-87-o1 Csc-Mir-87-P1k1 Csc-Mir-87-P1k2 Csc-Mir-87-P1l Cte-Mir-87-P1 Dgr-Mir-87-P1 Dlo-Mir-87-P1 Gsp-Mir-87 Hru-Mir-87-P1 Isc-Mir-87-P1 Lan-Mir-87-P1 Lgi-Mir-87-P1 Lpo-Mir-87-P1c Lpo-Mir-87-P1d Lpo-Mir-87-P1e Lpo-Mir-87-P1f Lpo-Mir-87-P1g Lpo-Mir-87-P1h Lpo-Mir-87-P1i Lpo-Mir-87-P1j Ofu-Mir-87-P1 Pau-Mir-87-P1 Pve-Mir-87-P1 Sne-Mir-87 Snu-Mir-87-P1 Tca-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (CGI_GCA_000297895.1) |
scaffold1600: 144750-144808 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUUUUUGACUACAAUGUUGUGUGGUGGACGGGCCCGAAAUUUUGGCUCAAACCUCUGAAUUAUCAGGUGAGCAAAGUUUUUGGGUGGUCUGCAGGCAACGCAAACAUCAGCAAGAAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUUUUUGACUACAAUG---| G G UG GG U G AA CUGA UUGU U G GAC GCCCGAAA UUU GCUC ACCU A AACG A C CUG UGGGUUUU GAA CGAG UGGA U CUAAGAACGACUACAAACGC^ G - GU G- U A -- CUAU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mgi-Mir-87-P1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGCCCGAAAUUUUGGCUCAAACCU -25
Get sequence
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Mature sequence | Mgi-Mir-87-P1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GUGAGCAAAGUUUUUGGGUGGU -59
Get sequence
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