MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Gsp-Mir-87

Family name MIR-87 (all species)
Seed UGAGCAA
Species Montseny horsehair worm (Gordionus sp.)
MiRBase ID
Paralogues
Orthologues Aae-Mir-87-P2  Aga-Mir-87-P2  Agr-Mir-87-o29  Asu-Mir-87-o3  Asu-Mir-87-o4  Ava-Mir-87-o34  Ava-Mir-87-o35  Bge-Mir-87-P1  Bge-Mir-87-P2a  Bge-Mir-87-P2b  Bko-Mir-87-o7  Bpl-Mir-87-o7  Cbr-Mir-87-o1  Cbr-Mir-87-o2  Cel-Mir-87-o1  Cel-Mir-87-o2  Csc-Mir-87-P1k1  Csc-Mir-87-P1k2  Csc-Mir-87-P1l  Csc-Mir-87-P2k  Csc-Mir-87-P2l  Cte-Mir-87-P1  Cte-Mir-87-P2  Dan-Mir-87-P2-v1  Dan-Mir-87-P2-v2  Dgr-Mir-87-o30  Dgr-Mir-87-o31  Dgr-Mir-87-P1  Dgr-Mir-87-P2  Dlo-Mir-87-P1  Dlo-Mir-87-P2  Dma-Mir-87-o5a  Dma-Mir-87-o5b  Dme-Mir-87-P2-v1  Dme-Mir-87-P2-v2  Dmo-Mir-87-P2-v1  Dmo-Mir-87-P2-v2  Dpu-Mir-87-o5a  Dpu-Mir-87-o5b  Dsi-Mir-87-P2-v1  Dsi-Mir-87-P2-v2  Dya-Mir-87-P2-v1  Dya-Mir-87-P2-v2  Eba-Mir-87-o29  Efe-Mir-87-o12  Efe-Mir-87-o13  Efe-Mir-87-o14  Efe-Mir-87-o15  Efe-Mir-87-o16  Efe-Mir-87-o17  Efe-Mir-87-o18  Egr-Mir-87-o28  Esc-Mir-87-o6  Gpa-Mir-87-P2-v1  Gpa-Mir-87-P2-v2  Gsa-Mir-87-o42  Hme-Mir-87-P2  Hru-Mir-87-P1  Hru-Mir-87-P2  Isc-Mir-87-P1  Isc-Mir-87-P2  Lan-Mir-87-P1  Lan-Mir-87-P2  Lgi-Mir-87-P1  Llo-Mir-87-o24  Llo-Mir-87-o25  Llo-Mir-87-o26  Lpo-Mir-87-P1c  Lpo-Mir-87-P1d  Lpo-Mir-87-P1e  Lpo-Mir-87-P1f  Lpo-Mir-87-P1g  Lpo-Mir-87-P1h  Lpo-Mir-87-P1i  Lpo-Mir-87-P1j  Lpo-Mir-87-P2c  Lpo-Mir-87-P2d  Lpo-Mir-87-P2e  Lpo-Mir-87-P2f  Lpo-Mir-87-P2g  Lpo-Mir-87-P2h  Lpo-Mir-87-P2i  Lpo-Mir-87-P2j  Mgi-Mir-87-P1  Mgi-Mir-87-P2  Mom-Mir-87-o29  Obi-Mir-87-o6  Ofu-Mir-87-P1  Ofu-Mir-87-P2  Ovu-Mir-87-o6  Pau-Mir-87-P1  Pau-Mir-87-P2  Pca-Mir-87-o22  Pca-Mir-87-o23  Pcr-Mir-87-o36  Pcr-Mir-87-o37  Pdu-Mir-87-o33  Pve-Mir-87-P1  Pve-Mir-87-P2  Rph-Mir-87-o19  Rph-Mir-87-o20  Rph-Mir-87-o21  Sma-Mir-87-o32  Sme-Mir-87-o8  Sme-Mir-87-o9  Sme-Mir-87-o10  Sme-Mir-87-o11  Sne-Mir-87  Snu-Mir-87-P1  Snu-Mir-87-P2  Tca-Mir-87-P1  Tca-Mir-87-P2  Tur-Mir-87-o38  Tur-Mir-87-o39  Tur-Mir-87-o40  Tur-Mir-87-o41  War-Mir-87-o29 
Node of Origin (locus) Protostomia
Node of Origin (family) Protostomia
Genome context
(GCA_954871325.1_tfGorGonz1-WG_genomic)		 OX940786.1: 16607064-16607129 [-]
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
AAACAAUAUUAUAAAGCAUAACGCGGAUCUAAGCCUGAAUCUUUAGCUCAACCUUUGAAAAAUAAAAUAUAUAGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGUAGCCGAGUUGAGCUCAUUUUCGUAAACUUUGU
Get precursor sequence
Structure
        10            20        30        40        50        60   
AAACAAUAUUAUAAAGCA----|   G   AU   A       U    A     A   UUGAAAAA 
                      UAAC CGG  CUA GCCUGAA CUUU GCUCA CCU        U
                      GUUG GCC  GAU UGGACUU GAAA CGAGU GGA        A
UGUUUCAAAUGCUUUUACUCGA^   A   --   G       U    -     -   UAUAUAAA 
    120       110       100          90         80         70
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsNo
Tissue expression
-   +
Sr Sr
Star sequence

Gsp-Mir-87_5p* (predicted)
mirBase accessionNone
Sequence 
0- AAGCCUGAAUCUUUAGCUCAACCU -24
Get sequence
Mature sequence

Gsp-Mir-87_3p
mirBase accessionNone
Sequence 
44- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGUAG -66
Get sequence