MirGeneDB ID | Cel-Mir-87-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-233 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-87-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-87-P2 Aga-Mir-87-P2 Bge-Mir-87-P2a Bge-Mir-87-P2b Cbr-Mir-87-o2 Csc-Mir-87-P2k Csc-Mir-87-P2l Cte-Mir-87-P2 Dan-Mir-87-P2-v1 Dan-Mir-87-P2-v2 Dgr-Mir-87-P2 Dlo-Mir-87-P2 Dme-Mir-87-P2-v1 Dme-Mir-87-P2-v2 Dmo-Mir-87-P2-v1 Dmo-Mir-87-P2-v2 Dsi-Mir-87-P2-v1 Dsi-Mir-87-P2-v2 Dya-Mir-87-P2-v1 Dya-Mir-87-P2-v2 Gpa-Mir-87-P2-v1 Gpa-Mir-87-P2-v2 Gsp-Mir-87 Hme-Mir-87-P2 Hru-Mir-87-P2 Isc-Mir-87-P2 Lan-Mir-87-P2 Lpo-Mir-87-P2c Lpo-Mir-87-P2d Lpo-Mir-87-P2e Lpo-Mir-87-P2f Lpo-Mir-87-P2g Lpo-Mir-87-P2h Lpo-Mir-87-P2i Lpo-Mir-87-P2j Mgi-Mir-87-P2 Ofu-Mir-87-P2 Pau-Mir-87-P2 Pve-Mir-87-P2 Sne-Mir-87 Snu-Mir-87-P2 Tca-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrX: 12078602-12078666 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAAAUGCCCCUUAUAUAGCAUCUUUCUGUCUCGCCCAUCCCGUUGCUCCAAUAUUCUAACAACAAGUGAUUAUUGAGCAAUGCGCAUGUGCGGGAUAGACUGAUGGCUGCUUUUUGUCCGGAGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAAUGCCCCUUAUAUAG-- UU C CC-| C UUCUAACA CAUC UCUGUCUCGC CAU CGUUGCUC AAUA \ GUAG AGAUAGGGCG GUA GUAACGAG UUAU A ACGAGGCCUGUUUUUCGUCG UC U CGC^ - UAGUGAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-87-o2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGCCCAUCCCGUUGCUCCAAUA -23
Get sequence
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Mature sequence | Cel-Mir-87-o2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UUGAGCAAUGCGCAUGUGCGGGA -65
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000288 TargetScanWorm: cel-miR-233 |