MirGeneDB ID | Cte-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-87a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cte-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-87-P2 Bge-Mir-87-P2a Bge-Mir-87-P2b Cbr-Mir-87-o2 Cel-Mir-87-o2 Cgi-Mir-87-P2 Csc-Mir-87-P2k Csc-Mir-87-P2l Dan-Mir-87-P2-v1 Dan-Mir-87-P2-v2 Dme-Mir-87-P2-v1 Dme-Mir-87-P2-v2 Dmo-Mir-87-P2-v1 Dmo-Mir-87-P2-v2 Dsi-Mir-87-P2-v1 Dsi-Mir-87-P2-v2 Dya-Mir-87-P2-v1 Dya-Mir-87-P2-v2 Hme-Mir-87-P2 Isc-Mir-87-P2 Lan-Mir-87-P2 Lpo-Mir-87-P2c Lpo-Mir-87-P2d Lpo-Mir-87-P2e Lpo-Mir-87-P2f Lpo-Mir-87-P2g Lpo-Mir-87-P2h Lpo-Mir-87-P2i Lpo-Mir-87-P2j Tca-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_222: 219067-219151 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-P2) |
Mir-87-P2
CAPTEscaffold_222: 219067-219151 [-]
Ensembl
Mir-87-P1 CAPTEscaffold_222: 219605-219665 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGGCUUUAGCGAGCGACAGUUCUUCAACGACGCCUGAAUUUUUGUCUCAGCCAAACGAUUAAAGAAAAUAGUUCCCUCCGCGGAGGGAUCUGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGCUUGCGGACUGCACUGCCUUCUAAUGCGUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 70 GUGGCUUUAGCGAGCGA---| UU CG U U G AACGAUUAAAGAAAAUAG CAGUUC CAA ACGCCUGAA UUUUG CUCA CCA \ GUCAGG GUU UGUGGACUU GAAAC GAGU GGU U UUUGCGUAAUCUUCCGUCAC^ C- CG U - - CUAGGGAGGCGCCUCCCU 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-87-P2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACGCCUGAAUUUUUGUCUCAGCCA -24
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-87-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009518 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
63- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGC -85
Get sequence
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