| MirGeneDB ID | Dme-Mir-87-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-87-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-87-P2 Bge-Mir-87-P2a Bge-Mir-87-P2b Cbr-Mir-87-o2 Cel-Mir-87-o2 Cgi-Mir-87-P2 Csc-Mir-87-P2k Csc-Mir-87-P2l Cte-Mir-87-P2 Dan-Mir-87-P2-v1 Dan-Mir-87-P2-v2 Dmo-Mir-87-P2-v1 Dmo-Mir-87-P2-v2 Dsi-Mir-87-P2-v1 Dsi-Mir-87-P2-v2 Dya-Mir-87-P2-v1 Dya-Mir-87-P2-v2 Hme-Mir-87-P2 Isc-Mir-87-P2 Lan-Mir-87-P2 Lpo-Mir-87-P2c Lpo-Mir-87-P2d Lpo-Mir-87-P2e Lpo-Mir-87-P2f Lpo-Mir-87-P2g Lpo-Mir-87-P2h Lpo-Mir-87-P2i Lpo-Mir-87-P2j Tca-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2L: 9950433-9950504 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-P2-v2) |
Mir-87-P2-v1
2L: 9950433-9950504 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-87-P2-v2 2L: 9950433-9950504 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACACCAAAGUCCUUUGGCAACACAUUUCAUUCGCGCCUGUAUCUUGCUGAACCGCUGCCAUUAUGGCCAACGAUCCGGUUGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGAGAAAUGUGUUUAGCAUUCAUCGGAGAAUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACACCAAAGUCCUUUGGC-- AUU U-| C G CGCUGCCAUUAU AACACAUUUC CGCGCCUG AU UUGCU AAC \ UUGUGUAAAG GUGUGGAC UA AACGA UUG G UUUAAGAGGCUACUUACGAU AGU UU^ A G GCCUAGCAACCG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dme-Mir-87-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020821 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGCGCCUGUAUCUUGCUGAAC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dme-Mir-87-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
49- UGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGA -72
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000361 TargetScanFly: dme-miR-87 |
