MirGeneDB ID | Pve-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Vernerds tusk shell (Pictodentalium vernedei) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pve-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-87-P2 Aga-Mir-87-P2 Bge-Mir-87-P2a Bge-Mir-87-P2b Cbr-Mir-87-o2 Cel-Mir-87-o2 Csc-Mir-87-P2k Csc-Mir-87-P2l Cte-Mir-87-P2 Dan-Mir-87-P2-v1 Dan-Mir-87-P2-v2 Dgr-Mir-87-P2 Dlo-Mir-87-P2 Dme-Mir-87-P2-v1 Dme-Mir-87-P2-v2 Dmo-Mir-87-P2-v1 Dmo-Mir-87-P2-v2 Dsi-Mir-87-P2-v1 Dsi-Mir-87-P2-v2 Dya-Mir-87-P2-v1 Dya-Mir-87-P2-v2 Gpa-Mir-87-P2-v1 Gpa-Mir-87-P2-v2 Gsp-Mir-87 Hme-Mir-87-P2 Hru-Mir-87-P2 Isc-Mir-87-P2 Lan-Mir-87-P2 Lpo-Mir-87-P2c Lpo-Mir-87-P2d Lpo-Mir-87-P2e Lpo-Mir-87-P2f Lpo-Mir-87-P2g Lpo-Mir-87-P2h Lpo-Mir-87-P2i Lpo-Mir-87-P2j Mgi-Mir-87-P2 Ofu-Mir-87-P2 Pau-Mir-87-P2 Sne-Mir-87 Snu-Mir-87-P2 Tca-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (PVE_manual_microRNAloci) |
CM062288.1:171018407-171018665: 101-159 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAGUUAUGAGGCUGUCAAGCUUUUGUGAACGUGCCUGACAUUUUGGCUCUAACCUGUCGAAUAAAAGGUGAGCAAAGUUUCAGGUAUGUUCAAGGAAGACUUUUUCAUCAACAACAAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGUUAUGAGGCUGUCA- -| UG C G UA GUCG AG CUUU UGAACGUGCCUGA AUUUUG CUC ACCU A UC GAAG ACUUGUAUGGACU UGAAAC GAG UGGA A GGAACAACAACUACUUUU A^ GA U - -- AAAU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pve-Mir-87-P2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCCUGACAUUUUGGCUCUAACCU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pve-Mir-87-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GUGAGCAAAGUUUCAGGUAUGU -59
Get sequence
|