MirGeneDB ID | Lpo-Mir-76-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-76 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCGUUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lpo-Mir-76-P3 Lpo-Mir-76-P4 Lpo-Mir-76-P5 Lpo-Mir-76-P6 Lpo-Mir-76-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-76 Aga-Mir-76 Agr-Mir-76 Asu-Mir-76 Bge-Mir-76 Bko-Mir-76 Bpl-Mir-76 Cbr-Mir-76 Cel-Mir-76 Cte-Mir-76 Dan-Mir-76 Dgr-Mir-76 Dlo-Mir-76 Dma-Mir-76 Dme-Mir-76 Dmo-Mir-76 Dpu-Mir-76 Dsi-Mir-76 Dya-Mir-76 Eba-Mir-76 Efe-Mir-76 Esc-Mir-76 Gpa-Mir-76 Gsa-Mir-76 Hme-Mir-76 Hru-Mir-76 Isc-Mir-76 Lgi-Mir-76 Llo-Mir-76 Mgi-Mir-76 Mom-Mir-76 Npo-Mir-76 Obi-Mir-76 Ofu-Mir-76 Ovu-Mir-76 Pau-Mir-76 Pcr-Mir-76 Pdu-Mir-76 Pmi-Mir-76 Pve-Mir-76 Rph-Mir-76 Sma-Mir-76 Snu-Mir-76 Spu-Mir-76 Tca-Mir-76 Tur-Mir-76 War-Mir-76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013665766.1: 444054-444114 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUAUAUUAAAAACCGGAGGGAGAGGUUGCCCAGGUUUCUCGAAAAACGAACACAGAUUUUAAUUGAUUGUUCGUUGUCGUCGAAACCUGAACAAAACUCCCUGGACCUCCGAUAGAAAUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUAUAUUAAAAACCGGA---| AGG CC U- AA CAGAUUU GGGAG UUG CAGGUUUC CGA AACGAACA \ CCCUC AAC GUCCAAAG GCU UUGCUUGU U GCUAAAGAUAGCCUCCAGGU^ AA- AA CU G- UAGUUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Lpo-Mir-76-P7_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGGUUUCUCGAAAAACGAACA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Lpo-Mir-76-P7_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UUCGUUGUCGUCGAAACCUGAA -61
Get sequence
|