MirGeneDB ID | Cte-Mir-76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-76 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCGUUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-981 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-76 Asu-Mir-76 Bge-Mir-76 Bpl-Mir-76 Cbr-Mir-76 Cel-Mir-76 Cgi-Mir-76 Dan-Mir-76 Dma-Mir-76 Dme-Mir-76 Dmo-Mir-76 Dpu-Mir-76 Dsi-Mir-76 Dya-Mir-76 Efe-Mir-76 Esc-Mir-76 Hme-Mir-76 Isc-Mir-76 Lan-Mir-76-P1 Lan-Mir-76-P2 Lgi-Mir-76 Lpo-Mir-76-P3 Lpo-Mir-76-P4 Lpo-Mir-76-P5 Lpo-Mir-76-P6 Lpo-Mir-76-P7 Lpo-Mir-76-P8 Npo-Mir-76 Obi-Mir-76 Ovu-Mir-76 Pmi-Mir-76 Sme-Mir-76-P9a Sme-Mir-76-P9b Spu-Mir-76 Tca-Mir-76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_84: 33972-34034 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAUACUAUACCUGACCAUGGUCUUUCAAUUCGGGUUUCGCGGUAUUCGAACACGUACCAAUAGCAGUUGUUCGUUGUCGUCGAAACCUGCUUUGAAAGAUAGUUUUGCAUCUGAUAUUUUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAUACUAUACCUGACCAUG-- UU -| GU UU CGUACCA GUCUUUCAA CGGGUUUCG CG A CGAACA \ UAGAAAGUU GUCCAAAGC GC U GCUUGU A GUUUUUAUAGUCUACGUUUUGA UC U^ UG U- UGACGAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a one nucleotide polymorphism in the 3p arm in the assembled sequence relative to the read data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-76_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGGGUUUCGCGGUAUUCGAACA -23
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-76_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UUCGUUGUCGUCGAAACCUGCUU -63
Get sequence
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