MirGeneDB ID | Sme-Mir-76-P9b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-76 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCGUUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-76-P9a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-76 Asu-Mir-76 Bge-Mir-76 Bpl-Mir-76 Cbr-Mir-76 Cel-Mir-76 Cgi-Mir-76 Cte-Mir-76 Dan-Mir-76 Dma-Mir-76 Dme-Mir-76 Dmo-Mir-76 Dpu-Mir-76 Dsi-Mir-76 Dya-Mir-76 Efe-Mir-76 Esc-Mir-76 Hme-Mir-76 Isc-Mir-76 Lgi-Mir-76 Npo-Mir-76 Obi-Mir-76 Ovu-Mir-76 Pmi-Mir-76 Spu-Mir-76 Tca-Mir-76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 2647535-2647599 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-76-P9b) |
Mir-76-P9a
NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 2635469-2635533 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-76-P9b NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 2647535-2647599 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAGGUUUUUGUUUUUUUUUUGAUAAACAUUUUUCAUUCUUAAACAAUGAAUAGUUUUUCCAUGACAAAGUAUUCGUUGUUUAUGAAUGAGAGAAAUGUUAGCAUUUAUCCUCGUAUCUUUAUCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAGGUUUUUGUUUUUUUUUUGAUA --| U GUUUUUCC AACAUUUU UCAUUC UAAACAAUGAAUA \ UUGUAAAG AGUAAG AUUUGUUGCUUAU A CCUAUUUCUAUGCUCCUAUUUACGA AG^ U GAAACAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Sme-Mir-76-P9b_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0011396 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUUCAUUCUUAAACAAUGAAUA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Sme-Mir-76-P9b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0011397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UUCGUUGUUUAUGAAUGAGAGAA -65
Get sequence
|