MirGeneDB ID | Mmu-Mir-139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-139 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-139 Ami-Mir-139 Bta-Mir-139 Cfa-Mir-139 Cja-Mir-139 Cli-Mir-139 Cmi-Mir-139 Cpi-Mir-139 Cpo-Mir-139 Dno-Mir-139 Dre-Mir-139 Eca-Mir-139 Ete-Mir-139 Gja-Mir-139 Gmo-Mir-139 Hsa-Mir-139 Laf-Mir-139 Lch-Mir-139 Loc-Mir-139 Mal-Mir-139 Mdo-Mir-139 Mml-Mir-139 Mmr-Mir-139 Mun-Mir-139 Neu-Mir-139 Oan-Mir-139 Ocu-Mir-139 Pab-Mir-139 Pbv-Mir-139 Rno-Mir-139 Sha-Mir-139 Spt-Mir-139 Sto-Mir-139 Tgu-Mir-139 Tni-Mir-139 Xla-Mir-139-P1 Xla-Mir-139-P2 Xtr-Mir-139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr7: 101475382-101475440 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGGAGGCGCCAGGACAGGCGCAGGUGUAUUCUACAGUGCACGUGUCUCCAGUGUGGCUCGGAGGCUGGAGACGCGGCCCUGUUGGAGUAACAACUGAAGCCAGAGUCUUCGAAGGGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGGGAGGCGCCAGGACAG G- G - -| U A GUGGC GC CAG UG UAUUCU ACAG GC CGUGUCUCCAGU \ CG GUC AC AUGAGG UGUC CG GCGCAGAGGUCG U GUGGGAAGCUUCUGAGAC AA A A U^ C - GAGGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-139_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUACAGUGCACGUGUCUCCAGU -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000656 TargetScanVert: mmu-miR-139-5p miRDB: MIMAT0000656 |
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Star sequence | Mmu-Mir-139_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0004662 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGGAGACGCGGCCCUGUUGGAGU -59
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004662 TargetScanVert: mmu-miR-139-3p miRDB: MIMAT0004662 |