MirGeneDB ID | Pab-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pab-Mir-196-P1 Pab-Mir-196-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-196-P4 Ami-Mir-196-P4 Bta-Mir-196-P4 Cfa-Mir-196-P4 Cin-Mir-196 Cja-Mir-196-P4 Cli-Mir-196-P4 Cmi-Mir-196-P4 Cpi-Mir-196-P4 Cpo-Mir-196-P4 Dno-Mir-196-P4 Dre-Mir-196-P4a Dre-Mir-196-P4b Eca-Mir-196-P4 Ete-Mir-196-P4 Gga-Mir-196-P4 Gja-Mir-196-P4 Gmo-Mir-196-P4a Hsa-Mir-196-P4 Laf-Mir-196-P4 Lch-Mir-196-P4 Loc-Mir-196-P4 Mal-Mir-196-P4a Mml-Mir-196-P4 Mmr-Mir-196-P4 Mmu-Mir-196-P4 Mun-Mir-196-P4 Neu-Mir-196-P4 Oan-Mir-196-P4 Ocu-Mir-196-P4 Rno-Mir-196-P4 Sha-Mir-196-P4 Spt-Mir-196-P4 Tgu-Mir-196-P4 Tni-Mir-196-P4a1 Tni-Mir-196-P4a2 Tni-Mir-196-P4a3 Xla-Mir-196-P4c-v1 Xla-Mir-196-P4c-v2 Xla-Mir-196-P4d-v1 Xla-Mir-196-P4d-v2 Xtr-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054689.2: 51790476-51790534 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGCCCUGCUCGCUCAGCUGAUCUGUGGCUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUGAGUUUUGAACUCGGCAACAAGAAACUGCCUGAGUUACAUCAGUCGGUUUUCGUCGAGGGCCCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCGCCCUGCUCGCUCAG----| UC A AUUGAG CUGA UGUGGCUUAGGUAGUUUC UGUUGUUGGG \ GACU ACAUUGAGUCCGUCAAAG ACAACGGCUC U CCCCGGGAGCUGCUUUUGGCU^ -- A AAGUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pab-Mir-196-P4_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGA -23
Get sequence
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Star sequence | Pab-Mir-196-P4_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UCGGCAACAAGAAACUGCCUGAG -59
Get sequence
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