MirGeneDB ID | Tca-Mir-2-P2f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-2-P1-v1 Tca-Mir-2-P1-v2 Tca-Mir-2-P2e Tca-Mir-2-P3-v1 Tca-Mir-2-P3-v2 Tca-Mir-2-P4-v1 Tca-Mir-2-P4-v2 Tca-Mir-2-P7 Tca-Mir-2-P8 Tca-Mir-2-P10a Tca-Mir-2-P10b Tca-Mir-2-P10c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P2 Bge-Mir-2-P2 Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG3: 561066-561124 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2f) |
Mir-3842
LG3: 559294-559352 [+]
Ensembl
Mir-71 LG3: 560714-560776 [+] Ensembl Mir-2-P1-v1 LG3: 560832-560890 [+] Ensembl Mir-2-P1-v2 LG3: 560833-560889 [+] Ensembl Mir-2-P2e LG3: 560954-561011 [+] Ensembl Mir-2-P2f LG3: 561066-561124 [+] Ensembl Mir-2-P3-v2 LG3: 561198-561260 [+] Ensembl Mir-2-P3-v1 LG3: 561200-561258 [+] Ensembl Mir-2-P4-v2 LG3: 561348-561412 [+] Ensembl Mir-2-P4-v1 LG3: 561350-561410 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGACGUGGAUUUAAUUGGUCGGUGCCCUAUCAGUCAAUUUGGUUGUGAAACCUAGUAUUUAUUCGGGUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGGUUGACGACCUAUUCAUCGAAGAAUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGACGUGGAUUUAAUUG- GU-| CU CA UU A UAGUAU GUCG GCC AU GUCAA UGGUUGUGA ACC \ CAGC UGG UG CAGUU ACCGACACU UGG U ACUAAGAAGCUACUUAUC AGU^ UU AG UU A GCUUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tca-Mir-2-P2f_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019104 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGUCAAUUUGGUUGUGAAACC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tca-Mir-2-P2f_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0008360 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAUCACAGCCAUUUUGACGAGU -59
Get sequence
|