| MirGeneDB ID | Tni-Mir-338-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-338 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-338-P2a Tni-Mir-338-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-338-P1 Cli-Mir-338-P1 Cmi-Mir-338-P1 Cpi-Mir-338-P1 Dre-Mir-338-P1 Ebu-Mir-338-o1 Gmo-Mir-338-P1 Lch-Mir-338-P1 Loc-Mir-338-P1 Mal-Mir-338-P1 Mun-Mir-338-P1 Sto-Mir-338-P1 Tgu-Mir-338-P1 Xla-Mir-338-P1a Xla-Mir-338-P1b Xtr-Mir-338-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
2: 6249043-6249104 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCUGAACGGUGCCAUCGUCACCUGCGGGGAACAACAUCCUGAUGCUGUCUGAGUAUGUGGUACAGAACUCCAGCAUUAGUGAUUUUGUUGCCAGUGGGAGGACAGGAGCAACUGGAUCCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCUGAACGGUGCCAUC- A- UG G G C -| UCU AUGUG GUC CC C GG AACAA AUC CUGAUGCUG GAGU G CAG GG G CC UUGUU UAG GAUUACGAC CUCA U GUCCUAGGUCAACGAGGA GA GU A G U U^ --- AGACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-338-P1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAACAUCCUGAUGCUGUCUGAGU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-338-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCCAGCAUUAGUGAUUUUGUUGC -62
Get sequence
|
