MirGeneDB ID | Tni-Mir-338-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-338 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-338-P1 Tni-Mir-338-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-338-P2 Ami-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2-as Cfa-Mir-338-P2 Cfa-Mir-338-P2-as Cli-Mir-338-P2 Cmi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2-as Cpo-Mir-338-P2 Dno-Mir-338-P2 Dre-Mir-338-P2a Ebu-Mir-338-o2 Ete-Mir-338-P2 Ete-Mir-338-P2-as Gga-Mir-338-P2 Gja-Mir-338-P2 Gmo-Mir-338-P2a Hsa-Mir-338-P2 Hsa-Mir-338-P2-as Lch-Mir-338-P2 Loc-Mir-338-P2 Mal-Mir-338-P2a Mdo-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2-as Mmu-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2-as Oan-Mir-338-P2 Ocu-Mir-338-P2 Pbv-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2-as Sha-Mir-338-P2 Spt-Mir-338-P2 Sto-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2-as Xtr-Mir-338-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
3: 10941080-10941140 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAGUGUUCCCCUUGCUGGAUUCUCCCUGCAACAACAUCCUGGUGCUGCCUGAGUCACUUUCACAAACUCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGCGGGGGGCAAACUCCUCUCACAACUAAAAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCAGUGUUCCCCUUGCUGGAUU-- C -| CCUGAGUCAC CUCCCUGCAACAA AUC CUGGUGCUG U GGGGGGCGUUGUU UAG GACUACGAC U GGAAAAUCAACACUCUCCUCAAAC U U^ CUCAAACACU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tni-Mir-338-P2a_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAACAUCCUGGUGCUGCCUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Tni-Mir-338-P2a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGC -61
Get sequence
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