| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-338-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-338 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-338-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-338-P1 Gmo-Mir-338-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-338-P2 Ami-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2-as Cfa-Mir-338-P2 Cfa-Mir-338-P2-as Cja-Mir-338-P2 Cli-Mir-338-P2 Cmi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2-as Cpo-Mir-338-P2 Dno-Mir-338-P2 Dre-Mir-338-P2a Ebu-Mir-338-o2 Eca-Mir-338-P2 Eca-Mir-338-P2-as Ete-Mir-338-P2 Ete-Mir-338-P2-as Gga-Mir-338-P2 Gja-Mir-338-P2 Hsa-Mir-338-P2 Hsa-Mir-338-P2-as Laf-Mir-338-P2 Lch-Mir-338-P2 Loc-Mir-338-P2 Mal-Mir-338-P2a Mdo-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2-as Mmr-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2-as Neu-Mir-338-P2 Oan-Mir-338-P2 Ocu-Mir-338-P2 Pab-Mir-338-P2 Pab-Mir-338-P2-as Pbv-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2-as Sha-Mir-338-P2 Spt-Mir-338-P2 Sto-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2-as Tni-Mir-338-P2a Xtr-Mir-338-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_2140: 179542-179603 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGUGCGCCCUCUGCUGGUCUCCCCUUGCAACAACAUCCUGGUGCUGAUUGAGUAGUUGUGAUAUAACUCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGCCGGGGGCGAGCCUCACUCUUCCUCCUCCACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCUGUGCGCCCUCUGCU- - U U C -| AUUGAGUAGUU GG UC CCCCU GCAACAA AUC CUGGUGCUG \ CC AG GGGGG CGUUGUU UAG GACUACGAC G CACCUCCUCCUUCUCACU G C C U U^ CUCAAUAUAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-338-P2a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAACAUCCUGGUGCUGAUUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-338-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGC -62
Get sequence
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