MirGeneDB ID | Hsa-Mir-338-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-338 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hsa-mir-338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hsa-Mir-338-P2-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-338-P2 Ami-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2-as Cfa-Mir-338-P2 Cfa-Mir-338-P2-as Cja-Mir-338-P2 Cli-Mir-338-P2 Cmi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2-as Cpo-Mir-338-P2 Dno-Mir-338-P2 Dre-Mir-338-P2a Dre-Mir-338-P2b Ebu-Mir-338-o2 Eca-Mir-338-P2 Eca-Mir-338-P2-as Ete-Mir-338-P2 Ete-Mir-338-P2-as Gga-Mir-338-P2 Gja-Mir-338-P2 Gmo-Mir-338-P2a Gmo-Mir-338-P2b Laf-Mir-338-P2 Lch-Mir-338-P2 Loc-Mir-338-P2 Mal-Mir-338-P2a Mal-Mir-338-P2b Mdo-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2-as Mmr-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2-as Mun-Mir-338-P2e Mun-Mir-338-P2f Neu-Mir-338-P2 Oan-Mir-338-P2 Ocu-Mir-338-P2 Pab-Mir-338-P2 Pab-Mir-338-P2-as Pbv-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2-as Sha-Mir-338-P2 Spt-Mir-338-P2 Sto-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2-as Tni-Mir-338-P2a Tni-Mir-338-P2b Xla-Mir-338-P2c Xla-Mir-338-P2d Xtr-Mir-338-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (hg38) |
chr17: 81125886-81125944 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-338-P2) |
Mir-338-P2
chr17: 81125886-81125944 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-338-P2-as chr17: 81125886-81125948 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCCCCAGACGCCGCACGGCUGUCCUCUCCAACAAUAUCCUGGUGCUGAGUGAUGACUCAGGCGACUCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGAAGAGGGCAGCUGCCAGCCUCCCGACCUGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGCCCCAGACGCCGCAC-- C U - -| GAUGAC GGCUGUCCUCU CAACAA AUC CUGGUGCU GAGU \ UCGACGGGAGA GUUGUU UAG GACUACGA CUCA U CCGUCCAGCCCUCCGACCG A U U C^ GCGGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Hsa-Mir-338-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAAUAUCCUGGUGCUGAGU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004701 TargetScanVert: hsa-miR-338-5p TargetMiner: hsa-miR-338-5p miRDB: MIMAT0004701 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Hsa-Mir-338-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000763 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000763 TargetScanVert: hsa-miR-338-3p TargetMiner: hsa-miR-338-3p miRDB: MIMAT0000763 |