MirGeneDB ID | Cfa-Mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-499 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-499 Ami-Mir-499 Bta-Mir-499 Cja-Mir-499 Cli-Mir-499 Cpi-Mir-499 Cpo-Mir-499 Dno-Mir-499 Dre-Mir-499-P1 Dre-Mir-499-P2 Ebu-Mir-499 Eca-Mir-499 Ete-Mir-499 Gga-Mir-499 Gja-Mir-499 Gmo-Mir-499-P1 Hsa-Mir-499 Laf-Mir-499 Lch-Mir-499 Loc-Mir-499 Mal-Mir-499-P1 Mdo-Mir-499 Mml-Mir-499 Mmr-Mir-499 Mmu-Mir-499 Mun-Mir-499 Oan-Mir-499 Ocu-Mir-499 Pab-Mir-499 Pbv-Mir-499 Pma-Mir-499 Rno-Mir-499 Sha-Mir-499 Spt-Mir-499 Sto-Mir-499 Tgu-Mir-499 Tni-Mir-499-P1 Xla-Mir-499-P3 Xla-Mir-499-P4 Xtr-Mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr24: 24029549-24029607 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUGUCCCUUGCACCCUGGGCGGGCGGCCGUUAAGACUUGCAGUGAUGUUUAACUCCUCUCCACGUGAACAUCACAGCAAGUCUGUGCUGCUUCCCGUCCCCACGCUGCCUGGGCAGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUGUCCCUUGCACCCU--| C C UA A ACUCCU GGGCGGG GGC GU AGACUUGC GUGAUGUUUA \ CCUGCCC UCG CG UCUGAACG CACUACAAGU C GGGACGGGUCCGUCGCACC^ U U UG A GCACCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-499_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006655 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAAGACUUGCAGUGAUGUUUA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-499 miRDB: MIMAT0006655 |
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Star sequence | Cfa-Mir-499_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AACAUCACAGCAAGUCUGUGCU -59
Get sequence
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